Diff for "BiologicalDatabase"

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최근의 생물정보학방법들에 의해서 많은 데이터들이 전세계 인터넷을 통해서 제공되고 있다. 그러나, 이들 데이터들은 모두, 개개의 성격에 맞도록 특성화되어 있다.

GenBank의 서열정보를 가지고, 바로 병세정보 및 ProteinStructure정보들을 바로 얻어낼 수 없는 상황이다. 생명현상은 이들 개개의 모든 정보들의 종합임을 되새겨보면, 이들 데이터들을 효과적으로 서로 통합시키고, 연결시키는 과정이 얼마자 중요한가를 알 수 있을 것이다. 따라서 이 분야, BioDatabaseIntegration 역시 생물정보학의 큰 도전으로 여겨지고 있다.

Important BiologicalDatabase for Bioinformatics

Genome
- Ensembl, AceDb
- GDB, NcbiGenome, Ensembl, FlyBase, MGD, SGD, MITOMAP
- GOLD
- RepetitiveSequence : RepBase
- TranscriptionFactor : TransFac
- PEDANT
NucleicAcid
- 기본정보 : Entrez, GenBank, EMBL, DDBJ, NcbiGenome
- EST : dbEST, UniGene, TigrGeneIndices, StackDb, H-InvDB
- Gene : GeneCards
- Promoter : EPD
- STS : dbSTS, RHdb
- Vector : UniVec
- Polymorphic region : dbSNP
- Somatic mutation in Cancer: COSMIC
- GSEA: MSigDB
Protein
- 기본정보 : SwissProt, InterPro, GenPept, TrEmbl, TrEst, TrGen, PIR, UniProt
- ProteinFamily : PROSITE, Blocks, Pfam, ProDom, PRINTS, COG, CDD
- ProteinStructure : PDB, SCOP, CATH, FSSP
- ProteinProteinInteraction : DIP, MIPS, PathCalling, ProNet
BiologicalPathway
GeneticDisease
- OMIM
- HemoPDB
Biochemical
- REBASE, LIGAND, BRENDA, DrugBank
실험정보
- TwoDiPage : Swiss2dPage
- MicroArray : ArrayExpress, StanfordMicroArrayDatabase, GEO
- QTL : PigQtlDb
문헌정보
- GO : QuickGo, AmiGo
- Papers : PubMed, Scopus, WebOfScience
- diseases : OMIM

Useful Information about Biological Database

Scripts for acessing Biological Database

PsiBlastQuery.rb - psi-blast를 biopython을 이용하지 않고 IE Automation을 이용한 무식한 방법 (Ruby이용)

Tools for bioinformatics

The Scorecons Server : MSA sequence 정보를 이용해서 각 AminoAcid의 conservation score를 구해준다.

이곳 BioinfoWiki에서는 InterWikiForBioinfo를 통해서, 각각 유용한 Database에 바로 접근할 수 있다.

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SubsetsOfBioinformatics CategoryDatabase

-  ⇤ ← Revision 2 as of 2005-07-05 10:53:12 → 
  Size: 2911
  Editor: 203
  Comment: add GEO
+   ← Revision 11 as of 2012-06-15 00:26:39 → ⇥
  Size: 3171
  Editor: 221
  Comment:
-Deletions are marked like this.
+Additions are marked like this.
 Line 7:
- * [Genome]
  * [Ensembl], [AceDb]
  * [GDB], NcbiGenome, [Ensembl], FlyBase, [MGD], [SGD], [MITOMAP]
  * [GOLD]
+ * [[Genome]]
  * [[Ensembl]], [[AceDb]]
  * [[GDB]], NcbiGenome, [[Ensembl]], FlyBase, [[MGD]], [[SGD]], [[MITOMAP]]
  * [[GOLD]]
 Line 13:
-  * [PEDANT]
+  * [[PEDANT]]
 Line 16:
-  * 기본정보 : [Entrez], GenBank, [EMBL], [DDBJ], NcbiGenome
  * [EST] : [dbEST], UniGene, TigrGeneIndices, StackDb
  * [Gene] : GeneCards
  * [Promoter] : [EPD]
  * [STS] : [dbSTS], [RHdb]
+  * 기본정보 : [[Entrez]], GenBank, [[EMBL]], [[DDBJ]], NcbiGenome
  * [[EST]] : [[dbEST]], UniGene, TigrGeneIndices, StackDb, [[H-InvDB]]
  * [[Gene]] : GeneCards
  * [[Promoter]] : [[EPD]]
  * [[STS]] : [[dbSTS]], [[RHdb]]
 Line 22:
-  * Polymorphic region : [dbSNP]
+  * Polymorphic region : [[dbSNP]]
  * Somatic mutation in [[Cancer]]: [[COSMIC]]
  * [[GSEA]]: [[MSigDB]]
-Line 24:
+Line 26:
- * [Protein] 
  * 기본정보 : SwissProt, InterPro, GenPept, TrEmbl, TrEst, TrGen, [PIR], UniProt
  * ProteinFamily : [PROSITE], [Blocks], [Pfam], ProDom, [PRINTS], [COG], [CDD]
  * ProteinStructure : [PDB], [SCOP], [CATH], [FSSP]
  * ProteinProteinInteraction : [DIP], [MIPS], [http://portal.curagen.com/pathcalling_portal/index.htm PathCalling], ProNet
+ * [[Protein]]
  * 기본정보 : SwissProt, InterPro, GenPept, TrEmbl, TrEst, TrGen, [[PIR]], UniProt
  * ProteinFamily : [[PROSITE]], [[Blocks]], [[Pfam]], ProDom, [[PRINTS]], [[COG]], [[CDD]]
  * ProteinStructure : [[PDB]], [[SCOP]], [[CATH]], [[FSSP]]
  * ProteinProteinInteraction : [[DIP]], [[MIPS]], [[http://portal.curagen.com/pathcalling_portal/index.htm|PathCalling]], ProNet
-Line 31:
+Line 33:
-  * [KEGG]
+  * [[KEGG]]
-Line 33:
+Line 35:
-  * MolecularInteraction : [BIND]
+  * MolecularInteraction : [[BIND]]
-Line 35:
+Line 37:
-  * [STKE]
+  * [[STKE]]
-Line 38:
+Line 40:
-  * [OMIM]
  * [HemoPDB]
+  * [[OMIM]]
  * [[HemoPDB]]
-Line 42:
+Line 44:
-  * [REBASE], [LIGAND], [BRENDA]
+  * [[REBASE]], [[LIGAND]], [[BRENDA]], DrugBank
-Line 46:
+Line 48:
-  * MicroArray : ArrayExpress, StanfordMicroArrayDatabase, [GEO]
  * [QTL] : PigQtlDb
+  * MicroArray : ArrayExpress, StanfordMicroArrayDatabase, [[GEO]]
  * [[QTL]] : PigQtlDb
-Line 50:
+Line 52:
-  * [GO] : QuickGo, AmiGo
  * Papers : PubMed
  * diseases : [OMIM]
+  * [[GO]] : QuickGo, AmiGo
  * Papers : PubMed, [[Scopus]], WebOfScience
  * diseases : [[OMIM]]
-Line 57:
+Line 59:
- * [http://www.bioinformatics.pe.kr/link/database.html Databases] : In BioinformaticsInformation
 * [http://bioinfo.sarang.net/data/varexp/virexp.html 생물DB를 이용하는 가상실험]
+ * [[http://www.bioinformatics.pe.kr/link/database.html|Databases]] : In BioinformaticsInformation
 * [[http://bioinfo.sarang.net/data/varexp/virexp.html|생물DB를 이용하는 가상실험]]
-Line 61:
+Line 63:
- * [PsiBlastQuery.rb] - psi-blast를 biopython을 이용하지 않고 IE Automation을 이용한 무식한 방법 ([Ruby]이용)
+ * [[PsiBlastQuery.rb]] - psi-blast를 biopython을 이용하지 않고 IE Automation을 이용한 무식한 방법 ([[Ruby]]이용)
-Line 64:
+Line 66:
- * [http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgi-bin/valdar/scorecons_server.pl The Scorecons Server] : MSA sequence 정보를 이용해서 각 AminoAcid의 conservation score를 구해준다.
+ * [[http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgi-bin/valdar/scorecons_server.pl|The Scorecons Server]] : MSA sequence 정보를 이용해서 각 AminoAcid의 conservation score를 구해준다.
-Line 66:
+Line 69:
-이곳 BioinfoWiki에서는 InterWikiForBioinfo를 통해서, 각각 유용한 [Database]에 바로 접근할 수 있다.
+이곳 BioinfoWiki에서는 InterWikiForBioinfo를 통해서, 각각 유용한 [[Database]]에 바로 접근할 수 있다.

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