[[Genome]]서열정보 주석달기.

어떤방법들을 통하여 [[Genome]]정보를 해석할 수 있을까. 

보통은, GenePrediction --> [[BLAST]], [[HMMER]]의 방법을 기대할 수 있다. 유전체내 유전자의 구조를 밝히는 것을 GeneModeling 이라고 한다. 

관련정보
 * [[PEDANT]]

== 종에 따른 해석방법 ==
=== Prokaryotic ===

[[TIGR]]에 보면 미생물 GenomeAnnotation에 관한 체계적인 프로세스가 나와있다.

=== Euckaryotic ===
논문
 * [[http://www.yandell-lab.org/publications/pdf/euk_genome_annotation_review.pdf|A beginner's guide to eukaryotic genome annotation]] (Nature reviews, May 2012) 

관련프로그램
 * Pipeline: [[MAKER]], [[PASA]], [[EVM]]

관련방법들
 * GenePrediction using GenScan, [[Orpheus]], [[Augustus]], [[SNAP]], [[TwinScan]], [[FGENESH]] 
 * t[[RNA]], r[[RNA]] confirmation using [[tRNAscan-SE]]
 * Repeat sequence confirmation using RepeatMasker
 * Gene structure determination with [[EST]], [[Protein]], [[RNA-seq]] matching
 * PromoterPrediction 
 * regulatory region (TranscriptionFactor) confirmation using [[TESS]]
 * [[CpG_island]] 탐색 using CpgPlot
 * MembraneProtein 탐색
 * ProteinStructure가 알려진 단백질에 대한 주석