직선(Linear Equation)과 관련된 여러 1차 방정식들을 효율적으로 풀기 위한 대수학(Algebra) 주로 행렬(Matrix)와 Vector를 이용하여 복잡한 1차 방정식을 단순화시켜 원하는 답을 구함으로써 직선 관계에 있는 여러 변수들간의 관계를 풀이한다.

대표적인 예로, PAM과 같은 Transition Matrix가 있다.

또한, 점화식 등의 원리를 이용하여 n에 대해 일반화 시키기 힘든 여러 식들을 일반화 시키는데 사용되기도 한다.

SeeAlso : StatisticalMethodsInBioinformatics, B.19 참조.

• 여기서는 일정단위 evolutionary time에 일어날 수 있는 transition의 matrix를 Spectral Expansion시킴으로써 n time후의 transition matrix를 계산하는 데에 LinearAlgebra의 EigenValue와 EigenVector를 이용하였다.