PairwiseAlignment에서 부분적으로 높은 점수를 지니는 부위를 정렬하는것. GlobalAlignment의 문제점을 극복

서열정렬시 보다 일반적인 상황은 일정 영역의 유사한 부분을 정렬하는것. 왜냐하면, [[Protein]]서열의 경우, 특정 일정 domain을 공유하기 때문이며, genomic DNA서열을 비교해야할 경우에도 해당된다. 서열 두개사이에서 최고의 점수를 갖는 subsequence alignment를 하는것을 LocalAlignment라고 한다.

 * SmithWatermanAlgorithm