standard SP multiple alignment scoring system

중요한 기능을 하는 어떤 position에서 모두 Leucine(L)을 가진 N sequence의 alignment를 한다면,

BLOSUM 50 (fig 2.2 )에 따르면 L->L 의 score = "5"

• column의 SP score는

  • 5 X N(N-1) / 2

    • N(N-1)/2 -> number of symbol pairs in the column

  만약 column 내에 Glycine(G)가 하나 있다면,

  • 9 X (N-1)

  • G를 가진 column의 SP score = 9(N-1)/ (5N(N-1)/2) = 18/5N N이 커질수록 correct alignment 와 incorrect alignment 사이의 score 차이가 줄어든다.