GeneSpring_GX 입문...

• genome 서열 만들기

  • 우선 .gpr파일을 준비한다. -> chip 데이타가 저장된 파일

  • .gpr파일 안에 ID(RefSeq, GA etc.)를 복사해서 엑셀의 A열과 J열에 복사한 다음, 탭으로 분리로 저장한다.

• 프로그램에 깔기

  • import genome -> create a custom genome (tab-delimited file) -> next -> 아까 만든 파일을 넣어준다.

  • annotation type -> systemetic name -> next -> yes

  • duplicate identifiers : ignore duplicates, use first entry -> ok

  • import genome sequence (나중에 설정) -> next

  • web links : add standard link -> click (데이타베이스 선택) -> next

  • save new genome : 이름 및 기타 설정 -> save

  • new genome checklist : 데이타베이스에서 데이타를 가져온다

    • gene spider : 체크된 데이타베이스에서 데이타를 업데이트한다. (시간이 좀 걸림) -> accept changes -> save and close

    • make gene lists : 말 그대로 gene list를 만든다. -> ok

    • build ontology : 말 그대로 ontology를 만든다. (시간이 상당히 걸림) -> ok

    • genmapp pathways : 아마도 다운받아야 할 듯...
    • kegg pathways : 이것 역시 다운...
    • homology tables :

    • resources : 누르면 GeneSpring GX Extras가 나옴... 아마도 다운 받으라는 소린거 같음...

    • import data : .gpr 데이타를 넣어준다... 여기서 넣지 않고 파일을 드래그해서 넣을 수도 있음... plate에 .gpr파일을 드래그해서 넣는다... -> next

      • -> next -> ok -> yes -> sample attributes (각 데이타에 대한 내용을 자세히 적는다.) -> yes -> save new experiment : 이름을 정하고 save

    • new experiment checklist

      • normalization : 왼쪽에는 list -> 그냥 ok

      • parameters : new parameter (변수에 해당하는 내용도 적어준다.)
      • experiment interpretation
      • error model
• filter on expression level : 흥미로운 유전자를 발견하는 과정