Diff for "RemoteHomology"

Differences between revisions 7 and 8

ProteinStructure는 대개가 서열에서 그 구조가 형성된다. 즉, 구조를 만드는것은 서열... 하지만, 꼭 그 서열이여야 할 이유는 없다. 서열이 많이 달라도 구조가 비슷한 현상. 원격 호몰로지.

~1/2 of proteins with no PDB homology have "new folds" and ~1/2 are "remote homologues"

이런 RemoteHomology 를 검색하기 위한 방법으로 PsiBlast , Hmmer 같은 방법이 사용된다.

대표적인 예

Hypothetical protein 1072B-MLJ0882(MPN342) 와 Catechol O-methylase ( 1VID ) : 서열 identity 9% 이나 Z값 13.5
- 이 예제는 아주 특별한 경우로 생각됩니다. 일반적으로 Single Domain Protein 일 경우에 약 30~40% 정도의 Sequence Homology 가 존재하면, 기능적 유사성이 있다고 여겨집니다. -- neosphere 2005-11-22 11:26:42

RemoteHomology는 UnitOfNaturalSelection이 function일것이라는 생각을 갖게한다. --yong27, 2005-02-03

연구관련 NewIdea : ProteinStructure classification database (예, SCOP등)에서 각 class 별로 서열유사성을 조사해보면, 대강 원격호몰로지들을 정리해 볼 수 있지 않을까? -- yong27 2005-08-24 16:24:45

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 Line 3:
-~1/2 of proteins with no [PDB] homology have "new folds" and ~1/2 are "remote homologues"
+~1/2 of proteins with no [[PDB]] homology have "new folds" and ~1/2 are "remote homologues"
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-RemoteHomology는 UnitOfNaturalSelection이 function일것이라는 생각을 갖게한다. --[yong27], 2005-02-03
+RemoteHomology는 UnitOfNaturalSelection이 function일것이라는 생각을 갖게한다. --[[yong27]], 2005-02-03
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-연구관련 NewIdea : ProteinStructure classification database (예, [SCOP]등)에서 각 class 별로 서열유사성을 조사해보면, 대강 원격호몰로지들을 정리해 볼 수 있지 않을까? -- [[yong27]] <<DateTime(2005-08-24T07:24:45Z)>>
+연구관련 NewIdea : ProteinStructure classification database (예, [[SCOP]]등)에서 각 class 별로 서열유사성을 조사해보면, 대강 원격호몰로지들을 정리해 볼 수 있지 않을까? -- [[yong27]] <<DateTime(2005-08-24T07:24:45Z)>>