BioHackersNetGenMAPP : Gene MicroArray Pathway Profiler MicroArray data의 분석결과를 가지고 생물학자들에 의해 이미 밝혀진 여러 BiologicalPathway대입하는 방식으로 data의 의미를 파악할 수 있게 해주는 tool.
GenMAPP, MAPPFinder(MappFinder), MAPPBuilder의 3개 프로그램으로 구성되어 있다.
- GenMAPP - expression data를 MAPP file에 대입해서 비주얼하게 볼 수 있게 해주는 software.
- MAPPBuilder - 새로운 MAPP file을 edit 할 수 있는 software. 개인이 만든 MAPP file을 홈페이지서 다운 받을 수 있다.
MAPPFiner - MicroArray data를 통계적인 방법으로 어떤 GeneOntology term이 중요한 변화가 일어났는지 확인할 수 있는 software. GenMAPP과 연동됨.
Compatibility : Windows 98, XP, NT and 2000, and Server.
Definition
The GenMAPP package allows users to visualize MicroArray and Proteomics data in the context of BiologicalPathway, summarize the distribution of genes/proteins along GeneOntology groups (MappFinder), and convert lists of genes/proteins into a pathway compatible format (MAPPBuilder).
사용방법
자세한 사용방법은 tutorial에서 확인하시고, 지금부터의 내용은 terra19가 실제로 사용하면서 익힌 내용을 서술형식으로 작성한 것 입니다.
보통 MicroArray data를 분석하면, P value와 fold change값을 구하게 됩니다. GenMAPP에서는
이렇게, 텍스트화일로 작성을 해서 "C:\GenMAPP 2 Data\Expression Datasets"에 넣습니다.(default로 깔았을때의 경로)
첫번째 column부터 chip의 probe id, p-value, fold change는 아실것 같고, 두번째 column에 대해서 설명드리자면, GenMAPP에서 인실할 수 있는 Primary key라고 보시면 됩니다. 정식 명칭은 gene identifier입니다. SwissProt, LocusLink, RefSeq, Unigene, GenBank등이며 필수 입력사항 입니다.
실행방법
GenMAPP 프로그램을 실행 시킨다음 우선적으로 menu bar에서 data-->Choose Gene Database를 클릭한 후, 어떤 database를 이용할지 선택합니다.
MicroArray data가 어떤 종(human, mouse, fly)인지와 연관이 있고, 서버에서 다운 받아야 합니다.
Data-->Expression Dataset Manager를 선택. 이후 새창에서 Expression Datasets-->New Dataset을 선택, 위에서 넣었던 MicroArray data를 선택합니다.
- 자신이 생각하는 방식대로 filtering criteria를 정하고, color를 지정해 주고 저장하면 됩니다.
- 예 : p value 0.05이상 fold change 1.2배 이상은 red color로 정함.
다시 main창으로 가서 Data-->Choose Expresssion Data set을 선택. 여기서는 gex화일인것만 선택이 가능합니다. 3번과정이 끝나면 생성됩니다.
마지막으로 File-->Open에서 보고싶은 MAPP file을 선택하면, 각 gene의 발현정도가 자신이 정해논 filtering criterion에 따라 color가 다르게 표현되어 나타납니다.
우선 생각나는 것만 적어 보았습니다. 역시 복잡하군요. 계속 정리해 보렵니다. --terra19 2005-07-19
혹시 이해가 안된다고 생각되는 부분이 있으면, 질문해 주세요