Experiments never fail

최근 종종 회자되고 있는 지놈분석용 웹어플리케이션 갤럭시. (하필 S사의 스마트폰과 이름이 같아 검색결과 보기가 짜증남) 이제 왠만한 연구실에서는 직접 깔아서 써야할 시기가 도래한 듯 싶다. 하필이면 파이썬으로 만들어져서 뭔가 확장해 쓰기 참 좋다고 할 수 있겠다. 직접 설치하면 자신만의 데이터 소스를 지정한다던가, 분석도구를 직접 만들어 써본다던가가 가능하다. 지난번 창범님이 서열데이터에서 프라이머 디자인하는것이 필요하다고 얼핏 얘기한 듯 하여 Primer3 툴을 갤럭시에 추가하는 걸 한번 해 보았다.

갤럭시에 보면 이미 Emboss 용 도구들이 들어있다. Emboss를 설치하고 (우분투라면 apt-get install emboss 한방) tool_conf.xml 파일안에 주석으로 막혀있는 부분을 해제해주면 된다. 근데 왜인지 왠만한 Emboss 프로그램들은 다 있는 것 같은데 eprimer3 만 안보인다. eprimer3 는 원래 primer3 프로그램의 인터페이스를 명령행에서 쓰기 쉽게끔 만든 wrapper 프로그램이고 이걸 쓰는 것이 오리지널 primer3를 쓰는 것 보다 훨씬 쉽다. 해서, eprimer3로 갤럭시 툴을 만들어보기로 하다. (테스트해봤더니 primer3 최신버전 2.2.3 은 eprimer3와 연동되지 않는다. 아쉽지만 primer3는 버전 1.1.4로 해야)

보니까 외부 도구의 형식을 XML로 등록할 수 있도록 되어 있으며, 입출력에 맞추어 돌아갈 수 있는 스크립트를 만들면 되더라. 해서 만든 eprimer3.py, emboss_eprimer3.xml 파일을 tools/emboss_5 디렉토리에 복사하고, tool_conf.xml 파일에 다음을 추가한다.

<section name="EMBOSS" id="EMBOSSLite">                                                  
    <tool file="emboss_5/emboss_eprimer3.xml" />
</section>

그러면 바로 짜잔~