Genome browser 에도 Ajax 기술을! :: 2006/06/27 15:35

/Bioinformatician

GenomeBrowser (유전체탐색기) 란 그 길고도 긴 Genome 의 정보를 탐색하기 위한 프로그램을 의미한다. Ensembl, UCSC genome browser 등의 프로그램들이 잘 알려져 있다. 어떤 위치에 어떤 유전자가 있고, 어떤 부분의 조절부위에 영향을 받는지 등의 정보가 실려있다. 따라서, 축소/확대/이동을 하면서 둘러볼 수 있는 인터페이스가 구비되어 있다. 최근, 생물정보 전문기업 인실리코젠에서 Ajax기술을 이용한 Genome browser 서비스를 개시했다. GAVI: Genome Ajax Viewer

처음 서비스를 구상하게 된 계기는 유전체 프로젝트(Genome project)를 수행하는 연구소에서, 유전체 지도를 파워포인트에 그리고 있는 것을 보고 나서였다. 전체 예상 유전체 영역중에서, 서열결정작업중인 특정 위치들을 표시하기 위해서 파워포인트 혹은 전지를 이용하고 있었다. 상대적인 좌표들을 표시하기 위해 연습장에다가 비례식을 풀어가면서 하나하나 그리고 있던 것이다. 하긴, 프로그래밍을 모르고, 관련 소프트웨어가 없으면, 이럴 수 밖에 없을 것이다.


GAVI는 특정 분석결과들 RepeatMasker, Genscan 등을 읽어들여서 자동으로, Genome map 을 생성할 수 도 있으며, 하나하나 수동으로 특정 정보들을 추가할 수 도 있다. 만들어진 정보들은 직관적인 네비게이션 인터페이스를 통해 효과적으로 둘러볼 수 있다.

그래픽이미지는 브라우저의 너비에 따라 동적으로 크기가 맞추어져서 생성된다. 만일 너비 5000픽셀이상의 그림을 원한다면, 해당 파일 URL(그림위에서 오른쪽마우스 클릭 후 속성에서 확인)에 ?width=5000 으로 적어주기만 하면 된다.

꼭 유전체 정보가 아니더라도, 1차원적인 공간(Sequence)안에 특정 영역의 상대적인 좌표들이 표시되는 것들은 모두 이 GAVI 서비스를 이용하여 예쁜 그래픽이미지로 얻을 수 있다.

본 서비스에 대한 의견 및 요구사항들을 Feedback 페이지(회사 위키페이지)에서 수렴중에 있다. 아쉬운 점, 꼭 필요하다고 생각되는 추가기능들을 기다리고 있다.
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  • BlogIcon 김창준 | 2006/07/05 01:48 | PERMALINK | EDIT/DEL | REPLY

    오! 우리가 연습문제로 하던 거네요! 어떤 언어, 프레임워크를 썼는지도 알려주시면 재미있을 듯. 제품/서비스의 성공을 빕니다.

    • BlogIcon yong27 | 2006/07/11 13:19 | PERMALINK | EDIT/DEL

      django와 prototype을 비롯한 몇몇 javascript 라이브러리를 썼어요. 사용자요구사항을 꾸준히 받아서, 점진적으로 기능을 향상시킬 생각을 하고 있습니다. 창준씨도 좋은 아이디어 좀 주세요 ^^;

  • BlogIcon 네오스 | 2006/07/25 10:07 | PERMALINK | EDIT/DEL | REPLY

    와오. 저번에 말씀하셨던 서비스가 이거였군요. 저도 AJax 를 이용한 Genome Browser 를 계획해서 만들고 있었는데, 다른 업무때문에 잠시 미뤄뒀죠. 컨셉은 이것과 약간 다릅니다. UCSC 나 Ensembl 보다 낮은 시스템을 이용해서 속도가 더 빠른 브라우저를 만드는데 AJax 를 이용할 계획이었거든요. Google Map 비슷하게요. 좌우 이동도 문제지만, 확대 축소도 상당한 걸림돌이 되거든요. 그래서 저는 그 부분을 중심으로 작업하려고 생각중이었습니다. 멋집니다. ^^

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