Proteomics에도 shot-gun이? :: 2004/05/25 18:32

/Bioinformatician

Shot-gun 방식은 지금의 인간게놈프로젝트에 커다란 공헌을 한 방법이다. DNA에만 적용되는줄 알았던 이 방법이 단백질에도 적용된다는 포스트가 눈에 띄었다.
http://www.s-chung.com/locblog/archives/000406.html (트랙백보냄)

예전에, FTICR 관련 세미나때, 들었던 내용이 보인다. 2D-gel같은 방법없이 직접 trypsin digestion후 각각의 펩타이드 질량으로부터 Peptide mass fingerprinting 혹은 Peptide fragmentation 방법으로 단백질 동정 혹은 서열결정하는 방법이다.

하지만, 위 기술은 그리 실용적이지 않아보인다.

발현되는 단백질의 많은 부분이 post-translational modification 되기때문에, 각 peptide digest들의 질량에는 아미노산이외의 잡다한 잔기들이 포함되어 있다. 따라서, 정확하게 번역후수식화를 예측하지 않는한, 이 방법은 실용적이지 못하다.

바뜨, 이 예측문제는 생물정보학 도전과제중 하나... 게다가 이를 푼다해도, 이론과 현상의 매칭이 어려운 프로테오믹스 분야에서 유용하게 쓰일지는 의문이다.
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